1988年，國務(wù)院批準湄洲島對臺胞開放。

1989年5月，臺灣信眾從海上直航湄洲朝圣，，開創(chuàng)1949年后兩岸大型船隊直航的先例。

1994年5月，莆田市首次舉行媽祖文化旅游節(jié)，打響媽祖故鄉(xiāng)獨特的文化品牌。

1997年，湄洲媽祖金身成功巡游臺灣島102天，朝拜民眾達1000多萬人次，創(chuàng)就海峽兩岸民間民俗交流史上一次影響最廣泛、規(guī)模最大、意義最深遠的活動。

2000年，湄洲島管委會和媽祖祖廟重新挖掘整理完善媽祖祭典，使之再現(xiàn)磅礴氣勢和濃郁古風。

2001年1月，馬祖島進香團由兩馬直航（馬祖一馬尾）到湄洲媽祖廟謁祖進香。這是開放“小三通，，后,第一個團隊循“小三通”渠道到內(nèi)地。

2002年，湄洲媽祖金身從湄洲島碼頭直航金門巡安，突破“小三通”局限。

2004年6月，莆田市組織了祖國內(nèi)地近年來規(guī)模最大的媽祖文物赴臺展出活動。

2004年10月31日，中華媽祖文化交流協(xié)會在湄洲島成立。

2005年7月8日，莆田與金門實現(xiàn)兩地貨運首次直航。

2005年11月1日，首屆湄洲媽祖•海峽論壇舉行，兩岸三地專家學(xué)者聚首湄洲島暢談“媽祖文化與兩岸情緣”。

2006年1月，胡錦濤總書記強調(diào)，媽祖信仰等深深地扎根在臺灣民眾精神生活當中，福建要運用這些豐富資源，在促進兩岸交流中更好地發(fā)揮作用。

2006年5月，湄洲媽祖祖廟被國務(wù)院定為全國重點文物保護單位，湄洲媽祖祭典被列入_家首批非物質(zhì)文化遺產(chǎn)名錄，成為“國寶”。

2007年5月，由中華媽祖文化交流協(xié)會、臺灣媽祖聯(lián)誼會等聯(lián)合主辦的首屆莆臺媽祖文化活動周在莆田隆重舉行并獲得圓滿成功。

2008年2月，海上媽祖女神名列首屆“福建十大名片”，成為福建人心目中的形象代表。

2008年4月，湄洲媽祖祖廟人島與大甲鎮(zhèn)瀾宮聯(lián)合舉辦“臺灣媽祖文化論壇”。

2008年7月，湄洲島接待兩岸開放周末包機直航后第一個包乘航班的臺灣媽祖信眾。

2008年9月8日，由中央電視臺舉辦的“海上明月共潮生——20D8年兩岸四地迎中秋大型民族音樂會”在湄洲島隆重舉行。

2008年9月25日，媽祖信俗成為我國向聯(lián)合國科教文組織推薦申報人類非物質(zhì)文化遺產(chǎn)的34個項目之一。

2008年10月31日至11月2日，莆田首次舉辦“天下媽祖回娘家，，活動，18個國家和地區(qū)的300多家媽祖文化機構(gòu)（宮廟）懷捧300多尊媽祖分靈神像集中“回娘家”尋根溯源、共祭媽祖，是有史以來臺灣宮廟主要負責人來莆最多、最集中的一次。同期，以“媽祖”文化與申報“世遺，”為主題的第四屆湄洲媽祖•海峽論壇在莆召開,全球媽祖信眾通過不同形式支持媽祖信俗申遺。
2009年2月，湄洲島成為祖國內(nèi)地第一個與臺灣本島港口實現(xiàn)海上客運直航的口岸。

2009年5月15日，臺灣媽祖信眾從臺中港直航湄洲島朝拜活動，拉開了首屆海峽論壇的序幕。

2009年9月30日，聯(lián)合國教科文組織保護非物質(zhì)文化遺產(chǎn)政府間委員會第四次會議審議表決，同意媽祖信俗列入世界人類非物質(zhì)文化遺產(chǎn)名錄。